Penggunaan pupuk dalam bidang pertanian dapat menimbulkan dampak antara lain :
- Resistensi hama
- Terbunuhnya organisme bukan sasaran
- Adanya residu pestisida pada hasil panen dan hewan pemakan rumput
- Mencemari air tanah
- Keracunan akut melalui kulit dan pernafasan bagi petani dan pemakai
- Menyebabkan kanker/cacat tubuh, kemandulan dan liver (data WHO ada 5000-10.000 orang pertahun)